2021911日,苏州大学28365365体育备用官网吴小惠教授课题组在国际著名期刊《Nucleic Acids Research》发表题为“scAPAdb: a comprehensive database of alternative polyadenylation at single-cell resolution”的研究论文。

选择性多聚腺苷化(APA) 是真核生物转录多样化的广泛调控机制,最新的单细胞 RNA-seq (scRNA-seq) 研究揭示了不同组织、生物过程和疾病中不同细胞类型的 APA 动态。吴小惠团队开发了scAPAdb数据库(http://www.bmibig.cn/scAPAdb/),提供了单细胞水平全基因组poly(A)位点、APA事件和poly(A)信号图谱。scAPAdb从超过360scRNA-seq实验中收集 APA信息,涵盖包括人类、小鼠、水稻、拟南芥等六个物种,覆盖超过260种细胞类型的上百万个细胞。scAPAdb还提供数据批量下载,用户可以通过基因标识符、基因功能、索引号等多种关键词查询数据库。scAPAdb将为研究单细胞水平不同细胞类型、组织和物种APA动态变化以及APA 介导的基因调控提供丰富资源。

该研究工作由苏州大学28365365体育备用官网吴小惠课题组和厦门大学吉国力课题组合作完成,苏州大学为论文第一单位,吴小惠教授为论文通讯作者,厦门大学博士生朱胜为论文第一作者,厦门大学博士生叶文斌、吴小惠教授的研究生练启威、秦威和吴哲也参与此工作。该研究得到了国家自然科学基金面上项目支持。

吴小惠课题组长期致力于生物和健康医疗大数据研究,特别是APA相关分析,该研究是继课题组发表的一系列APA分析工具或数据库,如PlantAPAdbAPAtrapscAPAtrapmovAPA,之后的又一重要成果。


文章链接:

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkab795/6368523?login=true