20227月,苏州大学苏州医学院28365365体育备用官网吴小惠教授团队在生物信息学知名期刊《Briefings in Bioinformatics》(最新影响因子11.622)发表题为“PolyAtailor: measuring poly(A) tail length from short-read and long-read sequencing data”的研究论文。

      真核生物基因表达过程中,剪切(Cleavage)与多聚腺苷化[PolyadenylationPoly(A)]是形成mRNA所必需的加工步骤。Poly(A)尾巴长度的变化影响mRNA的核输出、mRNA稳定性和翻译,对基因表达起重要调控作用。吴小惠团队建立了一个普适且高效的生物信息学分析框架—PolyTailor,用于识别和分析基于三代PacBio或二代短读段测序的poly(A)尾巴。PolyAtailor提供了两个核心功能--Tail_mapTail_scan,对有或没有参考基因组的物种均可进行分析,可为用户提供详细的poly(A)尾巴信息,包括尾巴位置、尾巴长度、尾巴序列和尾巴类型。此外,PolyTailor集成丰富的poly(A)尾巴和位点分析功能,如差异尾长分析、poly(A)位点识别和注释,以及尾巴中碱基组成的统计和可视化等。通过使用来自HeLa样本和拟南芥的三种测序数据,与另外三种方法--FLAMAnalysisFLEPSeqPAIsoSeq的比较结果表明,PolyAtailor具有更高的灵敏度和准确性。PolyAtailor程序可从https://github.com/BMILAB/PolyAtailor获得。

PolyAtailor可用于poly(A)尾巴动态的分析及可视化

  

      苏州大学为论文第一单位,苏州大学苏州医学院28365365体育备用官网吴小惠教授为论文唯一通讯作者,吴小惠团队的硕士生刘梦飞为论文第一作者,硕士研究生郝琳琳和本科生杨思恩同学也参与此工作。该研究得到了国家自然科学基金面上项目支持。吴小惠教授长期致力于生物和健康医疗大数据研究,特别是APA相关分析,团队已经开发了多个生物信息学分析工具或数据库,如scAPAdbPlantAPAdbAPAtrapscAPAtrapmovAPA等,成果发表于PNASGenome ResearchNucleic Acids ResearchBriefings in BioinformaticsBioinformatics等期刊。

 

论文链接:

https://academic.oup.com/bib/article/23/4/bbac271/6620877